院徽以字母E、S、e凤凰和书籍为设计元素。字母E、e为环境与工程两个汉字的英文首缩写, S是Science的首写字母，同时也是School和Sun的首写字母，院徽E、S、e艺术化凤和书籍突出中山大学环境科学与工程学院积极向上，为国家和社会构建和谐宜居的人文环境。院徽以深绿为底黄色镶边、白色中山大学环境科学与工程学院中英文环绕相得益彰。浅黄中镶嵌凤和书籍体现中山大学环境科学与工程学院浓郁的教育气息。院徽设计造型简洁流畅，富裕内涵体现学院的文化积淀。